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生物大数据的挖掘和整合应用——记生命科学学院青年教师联谊会学术沙龙系列活动

时间:2018-04-20 来源:工会 编辑: 点击:322

生命科学学院青年教师联谊会学术沙龙系列活动第二次活动于321日中午在生科楼159会议室展开,院青年教师联谊会会长罗剑教授主持,院青年教师代表董东研究员做了专题报告,并分享了自己的科研经历。本院三十多位老师齐聚一堂,热情不减,聆听了董老师的报告并热烈地与董老师交流科研经验。

董东研究员08年赴加拿大多伦多大学进行博士后研究工作,于2011年回国加入华东师范大学科学与技术跨学科研究院,2012年入选浦江人才计划,2017年入选华东师范大学青年高层次人才项目紫江青年学者,并被聘为生命科学学院生命医学研究所研究员。董老师长期从事二代DNA测序的算法研究,数据分析在物种进化中的应用,肿瘤基因组学和转录组学、肿瘤表观遗传学及基因转录调控等方面的研究。

此次沙龙,董老师围绕自己的研究为我们讲述了生物大数据的整合和挖掘。并介绍了自己在科研生涯中所构建的数据库。各位老师也就数据库的使用和建立和董老师进行了热烈的探讨。最后董老师也希望我院各位老师能够群策群力构建更完善的数据库更好地方便我们的科研工作。

每次的学术沙龙活动都会使我院教师接触到除自己科研方向之外的新知识,新想法,新理念。不同思想的交融,不同理念的碰撞,更能激发我院青年教师在科研上的想法与创新。青年教师联谊会希望可以通过每次学术沙龙让我院青年教师接触到更多的理念与想法,不断的提升自己的科研水平。

附董东研究员的研究成果:

1、整合TCGA(The Cancer Genome Atlas)里面RNA(mRNAmiRNAlncRNA)数据表达信息,结合预后数据,构建14种癌症的预后信息数据库。

2、对20对人肝母细胞瘤组织进行全基因组重测序。发现了大量的之前从未报道的体细胞de  novo突变位点,同时染色体结构变异也表现得非常明显。更多的variation集中在CTNNB1TP53基因上。结合术后五年生存信息,我们发现,有更多突变位点(CTNNB1TP53基因)存在的病人,预后效果明显不佳。通过结合HepG2细胞株的组蛋白修饰数据,我们试图对起到调控作用的SNP位点进行功能注释,我们发现了潜在的与癌变相关联的66个基因的增强子位点。进一步研究发现,这些位点的变化,能明显改变基因调控区域的表观遗传学修饰,进而影响基因表达。

3、通过ChIP-seq以及DNase-seq的结果,我们在肿瘤细胞里面发现转录因子与microRNA的协同转录调控关系。

(供稿人:丁一,罗剑)